La universidad pública se ha convertido en escenario de diferentes hechos relacionados directamente con la situación de violencia en el país durante muchos años. Estudiantes y profesores han sido blanco de "desapariciones", torturas y asesinatos. En los últimos dos años la presencia de grupos paramilitares dentro de las universidades ha generado el abandono y el exilio de muchos estudiantes y profesores debido a reiteradas amenazas.

- Gustavo Marulada
Después de circular una lista con estudiantes amenazados, en Medellín fueron asesinados Gustavo Marulanda de la Universidad de Antioquia y Carlos Mario Osorio del Politécnico Colombiano.

- Alberto Alava
Igualmente en las universidades del Atlántico, en Barranquilla, la Surcolombiana, en Neiva, y la del Llano, en Villavicencio, han circulado las amenazas de los grupos paramilitares contra la comunidad académica.

- Darío Betancort
Durante el año 1999, fueron asesinados, entre otros, los profesores Dario Betancourt de la Universidad Pedagógica de Bogotá, Hernando Henao de la Universidad de Antioquia y Jesús Bejarano de la Universidad Nacional. Eduardo Pizarro, Director del Instituto de Estudios Políticos y Relaciones Internacionales (IEPRI) de la Universidad Nacional fue víctima de un atentado en el que quedó herido.
Fundación Manuel Cepeda Vargas para la Paz, la Justicia Social y la Cultura